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Curso de Análisis Filogenéticos

Sesión Práctica del Día 01

Descripción

En esta sesión aprenderemos lo necesario para descargar secuencias de NCBI, filtrar las búsquedas con opciones avanzadas y empezar a realizar comparaciones en resultados de alineamientos.

Requisitos

Para poder realizar este ejercicio, necesitaremos:

  1. Datos de secuencias:
    • Puedes usar las secuencias del gen rpb2 del curso, que encontrarás en este link
    • Puedes usar también las secuencias del gen de ha1 del curso, las encontrarás en este link
    • Puedes usar tus propias secuencias, en formato FASTA
  2. Acceso a las siguientes páginas de internet:
  3. Sofware Recomendable para esta sesión:
    • Bloc de Notas
    • Seaview
    • ClustalX
    • MEGA

Ejercicio 01: Búsqueda en NCBI

Descripción

Realizaremos una exploración de secuencias utilizando palabras clave en el campo de búsqueda, desde la interfaz de la página de NCBI y en la base de datos nucleotídica no-redundante, también conocida como Genbank.

Instrucciones

  1. Buscar en la NCBI en nucleotide hiv2ben.
  2. Seleccionar el primer registro.
  3. En la parte superior, oprimiremos el botón SEND TO y almacenaremos el archivo en formato FASTA.
  4. Visualizar la secuencia completa que se ha descargado.

Ejercicio 02: Números de Acceso y BLAST

Descripción

Realizaremos una búsqueda de secuencia por No. de Acceso, que consiste en un ID único, que sirve como distintivo para una secuencia particular, en toda la colección disponible de NCBI.

Instrucciones

  1. Buscaremos en NCBI el número de acceso L20106.1.
  2. ¿A qué secuencia corresponde?
  3. Almacenaremos la secuencia de nucleótidos en formato FASTA.
  4. Realizaremos un ‘BLAST’ a la secuencia, para identificar todos los elementos de respuesta a esta búsqueda.

Ejercicio 03: Búsqueda Avanzada

Descripción

Utilizaremos utilidades adicionales en la búsqueda normal de NCBI para filtrar más a detalle el conjunto de la colección resultante.

Instrucciones (Parte 1)

  1. En all fieds seleccionar MeSH Terms, escribir en la ventana hyperglycemia.
  2. En la siguiente línea escribir newborn.
  3. Seleccionar add to history , lo anterior mostrara todas las búsquedas.
  4. Click en el número y click en save in MyNCBI.

Instrucciones (Parte 2)

  1. En all fieds seleccionar Organism escribir en la ventana influenza AH1N1
  2. En la siguiente línea escribir Neuramindase
  3. Seleccionar add to history, lo anterior mostrará todas las búsquedas.
  4. Click en el número y click en save in MyNCBI.

Ejercicio 04: Filtros de Búsqueda

Descripción

Con este ejercicio, repasaremos algunos filtros adicionales en la búsqueda de secuencias y recopilaremos la información basada en propiedades de la subida en Genbank.

Instrucciones

  1. En NCBI nucleotide, buscaremos las secuencias de: RPB2
  2. En el lado izquierdo, Filtraremos nuestra búsqueda respecto a:
    • Source Refseq
    • Species Fungi
    • Molecule Type mRNA
  3. Apreciaremos el tamaño de la selección resultante
  4. Descargaremos las primeras 20 secuencias, con el nombre de rpb2.fasta

Ejercicio 05: Taxonomy y Popset

Descripción

Con este ejercicio, recuperaremos secuencias que ya han sido validadas en un análisis de tipo filogenético.

Instrucciones

  1. En NCBI Taxonomy, buscaremos El organismo Fusarium.
  2. Seleccionaremos la casilla de Popset, desde la interfaz de búsqueda.
  3. Clic en el botón GO.
  4. Daremos clic en el número indicado a un lado derecho del campo Fusarium.
  5. En el campo de búsqueda avanzada, teclearemos AND rpb2.
  6. Descargaremos algunos de los popsets encontrados en esta búsqueda.

Ejercicio 06: BLAST desde una secuencia local

Descripción

Con este ejercicio, realizaremos una búsqueda por homología desde una secuencia problema.

Instrucciones

  1. En NCBI, abrimos la página de la herramienta BLAST.
  2. En nuestra computadora, abriremos el archivo problema, denominado sequence.fasta que encontrarás en este link.
  3. Clic en el botón BLAST.
  4. Esperaremos a que se devuelva el resultado en la página
  5. Vamos a explorar los resultados, la tabla, los números de Coverage, E-Value, Identity.
  6. Descargaremos los resultados en un archivo en formato FASTA.

Instalación de programas en Ubuntu

Descarga de software MEGA:

  1. Entra a la página del programa MEGA
  2. Llena la encuesta y accede al link de descarga
  3. Sigue los pasos de instalación del programa

Descarga de Notepad++

  1. Entra a la página del programa Notepad++
  2. Da clic en el botón de descarga
  3. Sigue los pasos de instalación

Descarga de IQ-Tree

  1. Entra a la página del programa IQ-Tree
  2. Da clic en el botón de descarga
  3. Extrae los archivos dentro del zip en una ubicación que recuerdes.