Curso de Análisis Filogenéticos

Sesión Práctica del Día 02

Descripción

En esta sesión aprenderemos lo necesario para realizar reconstrucciones filogenéticas, interpretar cómo se relacionan filogenéticamente las secuencias y renderizar gráficos listos para la publicación.

Requisitos

Para poder realizar este ejercicio, necesitaremos:

1. Datos de secuencias:
   • Puedes usar las secuencias del gen rpb2 del curso, que encontrarás en este link
   • Puedes usar también las secuencias del gen de ha1 del curso, las encontrarás en este link
   • También puedes usa este set de datos de virus
   • Puedes usar tus propias secuencias, en formato FASTA
2. Acceso a las siguientes páginas de internet:
   • Página de NCBI
   • Página de la Herramienta Blast
   • Página del Algoritmo ClustalW
   • Página del Algoritmo MUSCLE -
3. Sofware Recomendable para esta sesión:
   • Bloc de Notas
   • MEGA

Ejercicio 01: Alineamiento con MEGA

Descripción

En este ejercicio, utilizaremos el programa de MEGA para realizar el proceso indicado en la sesión de Métodos de Filogenia. Para lo anterior, reutilizaremos las secuencias que ya habíamos descargado en la sesión 01 de este mismo curso.

Instrucciones

1. En la interfaz, localizaremos el ícono de ‘Align’
2. Seleccionamos la opción ‘Edit/Build Alignment’
3. En la nueva ventana, seleccionamos ‘Retrieve a sequence from a file’
4. Realizaremos los siguientes alineamientos:
   • DNA con Muscle
   • Aminoácidos con ClustalW
5. Una vez alineado, podemos ver una representación dot-alignment

Ejercicio 02: Alineamiento Online

Descripción

Repasaremos lo que hemos aprendido respecto a los métodos de alineamiento múltiple de secuencias, utilizando el algoritmo de alineamiento global con las secuencias del gen rpb2 o el gen ha1 que ya hemos descargado previamente.

Instrucciones (Parte1)

1. Dirigirse a la dirección (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)
2. Seleccionar el tipo de molécula a DNA.
3. Pegar el contenido del archivo de secuencias o cargarlo desde la ventana que se abre al dar clic en ‘Examinar’.
4. Seleccionar el formato de salida a Pearson/FASTA.
5. Clic en el botón de ‘Submit’ y esperar a los resultados.
6. Descargar el alineamiento resultante dando clic derecho y ‘Guardar Como… ‘
7. Daremos clic en el botón ‘Result Viewers’ y después en MView
8. Descargaremos también la visualización.

Instrucciones (Parte 2)

1. Dirigirse a la herramienta de (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/)
2. Repetiremos los pasos 3 al 8 de la Parte 1 de este mismo ejercicio.

Instrucciones (Parte 3)

1. Dirigirse a la herramienta de (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/)
2. Repetiremos los pasos 3 al 8 de la Parte 1 de este mismo ejercicio.